نظراً لصعوبة الظروف الاقتصادية التي يعيشها الشعب الفلسطيني، فإن الكثير من الطلبة لا يستطيعون تسديد الرسوم الجامعية، مما قد يحرمهم فرصة التعليم الجامعي، لذا فقد حرصت الجامعة الإسلامية دوماً – رغم الضائقة المالية التي تعانيها – على ألا يحرم أي طالب من حق التعليم الجامعي بسبب ظروفه الاقتصادية، ولتذليل العقبات المالية أمام الطلبة تم استحداث دائرة صندوق الطالب في العام 2001 بعمادة شئون الطلبة لتعنى بكل الإجراءات المالية المتعلقة بالقروض والمنح والمساعدات التي تقدمها الجامعة لطلبتها.
 
وتتركز مجالات عمل دائرة صندوق الطالب الرئيسية كما يلي :
1.  المنح الداخلية: منح الطلبة المستحقين (حسب أنظمة ولوائح الجامعة) منح دراسية تسمى بالمنح الداخلية في إشارة إلى أنها من ميزانية الجامعة.
 
2.  المنح الخارجية: التواصل مع الجهات داخل وخارج الجامعة لتسهيل حصول طلبة الجامعة على منح من مؤسسات خارج الجامعة حسب شروط ومعايير هذه المؤسسات وفقاً لحاجة الطلبة.
 
3.  الطلبة الخريجين: إنهاء كافة معاملات الطلبة الخريجين وخاصة الطلبة المقترضين قروض جامعية أو قروض التعليم العالي.
 
4. البحث الاجتماعي: تعنى باستقبال الطلبة (المحتاجين) ودراسة حالتهم المالية والاجتماعية مكتبياً، وارفاق المستندات الثبوتية اللازمة على صفحة الطالب وتدقيقها من قبل الباحث الاجتماعي، ومن ثم اجراء عملية البحث الميداني للتأكد من صحة البيانات، وتقييم الطلبة ميدانياً، واعطائهم تصنيفهم حسب الحاجة A,B,C,D كي يتم ترشيحهم للمساعدات والمنح المتوفرة حسب الحاجة، وحسب شروط الجهة المانحة، وكذلك إتمام الإجراءات اللازمة لحصول الطلبة على قروض وزارة التربية والتعليم العالي أو القروض الجامعية.
 
5.  موارد التمويل، ويمكن حصرها فيما يلي :
.  المؤسسات العلمية والخيرية سواء كانت المحلية أو خارجية.
.  ما يخصص للصندوق من موازنة الجامعة.
.  تبرعات الأفراد.
 
•  الهدف العام لصندوق الطالب: مساعدة الطالب اقتصادياً ومادياً لإكمال دراسته الجامعية.
ولتحقيق هذا الهدف العام فإن صندوق الطالب يقوم بالعديد من المهام:
1.  التنسيق مع الجهات المختصة في إدارة الجامعة وخارجها لمساعدة الطلبة المحتاجين. 
2.  تخصيص منح داخلية لخدمة شرائح محددة من طلبة الجامعة مثل: (المتفوقين، حفظة القرآن، ذوي الاحتياجات الخاصة .....الخ).
3.  تقديم القروض والنح اللازمة للطلبة الذين هم في حاجة لها بسبب الحاجة الاقتصادية أو عدم توفر السيولة المالية، وذلك حسب التقييم الاجتماعي للطلبة.
4.  توجيه وإرشاد الطلبة نحو الاستفادة من المنح الخارجية وبناء أنظمة معلومات اقتصادية واجتماعية قادرة على تزويد الجهات الممولة الخارجية بكافة احتياجاتها من تقارير ومعلومات تتعلق بالطلبة المحتاجين في الجامعة.